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# Código R (knitr)

O Overleaf fornece uma integração com **knitr**, que lhe permite adicionar código R ao seu documento LaTeX para gerar uma saída dinâmica.

Os documentos que contêm código R devem ser guardados com a extensão `.Rtex` ou `.Rnw`, caso contrário o código não funcionará. Vejamos um exemplo:

{% code overflow="wrap" %}

```latex
\documentclass{article}
\begin{document}

Pode introduzir comandos R no seu documento \LaTeX{} que serão processados e cuja saída será incluída no documento:

<<>>=
# Criar uma sequência de números
X = 2:10

# Mostrar medidas estatísticas básicas
summary(X)

@
\end{document}
```

{% endcode %}

![KnitrDemo1.png](https://3502988919-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FVetOkhFZmAC8QCQK0Pi7%2Fuploads%2F4rB1ItV9jgLU4dT6o3Hf%2FKnitrDemo1.png?alt=media\&token=5b2d4df8-8de9-4bdd-be61-0a3992026edf)

[Abra este `knitr` exemplo no Overleaf](https://www.overleaf.com/project/new/template/20421?id=69881107\&templateName=Knitr+demo+1\&latexEngine=pdflatex\&texImage=texlive-full%3A2020.1\&mainFile=)

Como pode ver, o texto entre os caracteres `<<>>=` e `@` é código R. Este código e a sua saída são impressos num formato semelhante a uma listagem. Este bloco de código pode receber alguns parâmetros adicionais para personalizar a saída dinâmica, como descrito na secção seguinte.

### Blocos de código

Um bloco de código como o apresentado na secção anterior é normalmente chamado de *chunk*. Pode definir algumas opções adicionais nos chunks do knitr. Veja o exemplo abaixo:

{% code overflow="wrap" %}

```latex
\documentclass{article}
\begin{document}

Pode introduzir comandos R no seu documento \LaTeX{} que serão processados e cuja saída será incluída no documento:

<<echo=FALSE, cache=TRUE>>=
# Criar uma sequência de números
X = 2:10

# Mostrar medidas estatísticas básicas
summary(X)

@
\end{document}
```

{% endcode %}

![KnitrDemo2.png](https://3502988919-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FVetOkhFZmAC8QCQK0Pi7%2Fuploads%2FHtobrK1TjY4SG4ax2BH5%2FScreenshot%202025-12-16%20143420.png?alt=media\&token=50675660-f20f-44d3-be60-fb91b8dbd255)

[Abra este `knitr` exemplo no Overleaf](https://www.overleaf.com/project/new/template/20423?id=69885763\&templateName=Knitr+demo+2\&latexEngine=pdflatex\&texImage=texlive-full%3A2020.1\&mainFile=)

Existem duas opções adicionais passadas dentro de `<<` e `>>`.

* `echo=FALSE`Isto oculta o código e imprime apenas a saída gerada pelo R.
* `cache=TRUE`Se cache estiver definido como true, o chunk não é executado, apenas os objetos por ele gerados. Isto poupa tempo se os dados nesse chunk não tiverem mudado.

  <div data-gb-custom-block data-tag="hint" data-style="info" class="hint hint-info"><p><em>Note que a opção cache=TRUE não é atualmente suportada no Overleaf, mas deverá funcionar localmente.</em></p></div>

Consulte o [guia de referência](https://learn.overleaf.com/learn/Knitr#Reference_guide) para mais opções.

### Comandos em linha

É possível aceder a objetos gerados num chunk e imprimi-los em linha.

{% code overflow="wrap" %}

```latex
\documentclass{article}
\begin{document}

Pode introduzir comandos R no seu documento \LaTeX{} que serão processados e cuja saída será incluída no documento:

<<echo=FALSE, cache=TRUE>>=
# Criar uma sequência de números
X = 2:10

# Mostrar medidas estatísticas básicas
summary(X)

@

Assim, a média dos dados é $\Sexpr{mean(X)}$
\end{document}
```

{% endcode %}

![KnitrDemo3.png](https://3502988919-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FVetOkhFZmAC8QCQK0Pi7%2Fuploads%2Fbyz9VKDCCPcoWHbznSJ4%2FScreenshot%202025-12-16%20143647.png?alt=media\&token=9d5ef4de-f413-4bf2-83c8-bf2171f50dee)

[Abra este `knitr` exemplo no Overleaf](https://www.overleaf.com/project/new/template/20425?id=69886866\&templateName=Knitr+demo+3\&latexEngine=pdflatex\&texImage=texlive-full%3A2020.1\&mainFile=)

O comando `\Sexpr{mean(X)}` imprime a saída devolvida pelo código R `mean(X)`. Dentro das chavetas, pode ser passado qualquer comando R.

### Gráficos

Também podem ser adicionados gráficos a um documento knitr, como neste exemplo:

{% code overflow="wrap" %}

```latex
\documentclass{article}
\begin{document}

<<plot1, fig.pos="t", fig.height=4, fig.width=4, fig.cap="First plot">>=

xdata = read.csv(file="data.txt", head=TRUE,sep=" ")

hist(xdata$data, main="Overleaf histogram", xlab="Data")

@

A figura \ref{fig:plot1} é um histograma simples.

\end{document}
```

{% endcode %}

![KnitrDemo4.png](https://3502988919-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FVetOkhFZmAC8QCQK0Pi7%2Fuploads%2F5NI4NOJICjnYf8Z2Me1b%2FScreenshot%202025-12-16%20143811.png?alt=media\&token=d937786f-da22-4cbd-9adf-f277ec9f77c4)

[Abra este `knitr` exemplo no Overleaf](https://www.overleaf.com/project/new/template/20427?id=69890965\&templateName=Knitr+demo+3\&latexEngine=pdflatex\&texImage=texlive-full%3A2020.1\&mainFile=)

Este histograma usa dados guardados em "data.txt", gravado no diretório de trabalho atual. Algumas opções relacionadas com a figura são passadas ao chunk.

`plot1`Esta é a etiqueta usada para referenciar o gráfico. O prefixo "fig:" é obrigatório. Pode ver no exemplo que a figura é referenciada com `\ref{fig:plot1}`.`fig.pos="t"` parâmetro de posicionamento. É o mesmo usado no [ambiente de figura](https://learn.overleaf.com/learn/Positioning_images_and_tables#The_figure_environment).`fig.height=4, fig.width=4`Largura e altura da figura.`fig.cap="First plot"`Legenda da figura.

### Scripts R externos

Pode importar partes de um script R externo para um documento knitr. Isto é muito útil, uma vez que é bastante comum escrever e depurar o script num programa externo antes de o incluir no seu documento.

Suponha que temos o seguinte código R num ficheiro chamado `mycode.R` que incluímos no nosso documento LaTeX:

```r
## ---- myrcode1
# Criar uma sequência de números
 X = 2:10

## ---- myrcode2
# Mostrar medidas estatísticas básicas
summary(X)
```

Repare nas linhas:

```r
## ---- myrcode1
```

e

```r
## ---- myrcode2
```

Estas marcam o início de um chunk de código e são obrigatórias se quiser usar este script no nosso documento, como mostrado no seguinte fragmento de código:

```r
O chunk abaixo não será impresso

<<echo=FALSE, cache=FALSE>>=
read_chunk("mycode.R")
@

O código deve aparecer aqui

<<myrcode2>>=

@
```

![KnitrDemo5.png](https://3502988919-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FVetOkhFZmAC8QCQK0Pi7%2Fuploads%2FPzKSGsFTMdhs9K8dE8Ny%2FKnitrDemo5.png?alt=media\&token=9c32c381-7621-4b7d-9d73-c1e7a0b6aac8)

O primeiro chunk não é impresso e é usado apenas para importar o script com o comando `read_chunk("mycode.R")` . É por isso que a opção `echo=FALSE` está definida. Além disso, os scripts não devem ser armazenados em cache. Assim que o script for importado, pode imprimir um chunk usando a etiqueta que definiu depois de `## ----`. Neste caso é `myrcode2`.

Colocámos todos os fragmentos de código do artigo num projeto que [pode abrir no Overleaf](https://www.overleaf.com/project/new/template/20429?id=69894649\&templateName=Knitr+full+demo\&latexEngine=pdflatex\&texImage=texlive-full%3A2020.1\&mainFile=) .

### Guia de referência

Algumas opções de chunk:

* `resultados`. Altera o comportamento dos resultados gerados pelo código R. Os valores possíveis são:
  * `markup` Use LaTeX para formatar a saída.
  * `asis` Imprimir os resultados brutos do R.
  * `hold` Manter os resultados de saída e enviá-los para o fim do chunk.
  * `hide` Ocultar resultados.
* `echo`. Indica se o código-fonte R deve ser incluído. Outros parâmetros incluem:
  * `echo=2:3` imprime apenas as segunda e terceira linhas;
  * `echo=-2:-3` exclui apenas as segunda e terceira linhas.
* `cache`. Indica se o chunk de código deve ser armazenado em cache. Os valores possíveis são: `TRUE` e `FALSE`
* `highlight`. Indica se o código-fonte deve ser realçado. Os valores possíveis são: `TRUE` e `FALSE`
* `background`. Cor de fundo do chunk. Podem ser usados formatos rgb e HTML. O valor predefinido é *"#F7F7F7"*.


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