R 代码（knitr）

Overleaf 提供了与 knitr的集成，允许你在 LaTeX 文档中添加 R 代码以生成动态输出。

包含 R 代码的文档必须以扩展名 .Rtex 或 .Rnw保存，否则代码将无法运行。让我们看一个示例：

\documentclass{article}
\begin{document}

你可以在 \LaTeX{} 文档中输入 R 命令，这些命令将被处理并将其输出包含在文档中：

<<>>=
# 创建一个数列
X = 2:10

# 显示基本统计量
summary(X)

@
\end{document}

KnitrDemo1.png

在 Overleaf 上打开这个 knitr 示例

如你所见，位于字符 <<>>= 和 @ 之间的文本是 R 代码。该代码及其输出以类似列表的格式打印。该代码块可以接受一些额外参数以自定义动态输出，如下一节所述。

代码块

像前一节所示的代码块通常被称为 chunk。你可以在 knitr 的 chunk 中设置一些额外选项。见下例：

\documentclass{article}
\begin{document}

你可以在 \LaTeX{} 文档中输入 R 命令，这些命令将被处理并将其输出包含在文档中：

<<echo=FALSE, cache=TRUE>>=
# 创建一个数列
X = 2:10

# 显示基本统计量
summary(X)

@
\end{document}

KnitrDemo2.png

在 Overleaf 上打开这个 knitr 示例

在 << 和 >>.

• 中传递了两个附加选项echo=FALSE

• 这会隐藏代码，只打印 R 生成的输出。cache=TRUE

  如果将 cache 设置为 true，则该 chunk 不会运行，只会使用它生成的对象。如果该 chunk 中的数据没有更改，这可以节省时间。

注意，Overleaf 目前不支持 cache=TRUE 选项，但在本地应该可以工作。 参见 参考指南

以获取更多选项。

内联命令

\documentclass{article}
\begin{document}

你可以在 \LaTeX{} 文档中输入 R 命令，这些命令将被处理并将其输出包含在文档中：

<<echo=FALSE, cache=TRUE>>=
# 创建一个数列
X = 2:10

# 显示基本统计量
summary(X)

@

可以访问在 chunk 中生成的对象并将它们内联打印。
\end{document}

因此，数据的均值是 $\Sexpr{mean(X)}$

在 Overleaf 上打开这个 knitr 示例

KnitrDemo3.png 命令 \Sexpr{mean(X)} 打印由 R 代码返回的输出mean(X)

。在大括号内可以传入任何 R 命令。

图表

\documentclass{article}
\begin{document}

图表也可以添加到 knitr 文档中，如下示例：

<<plot1, fig.pos="t", fig.height=4, fig.width=4, fig.cap="First plot">>=

xdata = read.csv(file="data.txt", head=TRUE,sep=" ")

@

hist(xdata$data, main="Overleaf histogram", xlab="Data")

\end{document}

图 \ref{fig:plot1} 是一个简单的直方图。

在 Overleaf 上打开这个 knitr 示例

KnitrDemo4.png

该直方图使用存储在当前工作目录下 "data.txt" 中的数据。向该 chunk 传递了一些与图形相关的选项。plot1 这是用于引用该图的标签。前缀 "fig:" 是强制性的。你可以在示例中看到该图是用.\ref{fig:plot1} 引用的。 fig.pos="t".定位参数。这与figure 环境中使用的相同fig.height=4, fig.width=4图形的宽度和高度。

fig.cap="First plot"

图的标题（Caption）。

外部 R 脚本 你可以将外部 R 脚本的部分内容导入到 knitr 文档中。这很有用，因为通常会在将脚本包含到文档之前在外部程序中编写和调试脚本。 假设我们在一个名为以下文件中有如下 R 代码

mycode.R
# 创建一个数列
 X = 2:10

我们将其包含在 LaTeX 文档中：
# 显示基本统计量
summary(X)

## ---- myrcode1

mycode.R

和

我们将其包含在 LaTeX 文档中：

## ---- myrcode2

注意这些行：

这些标记了代码块的开始，如果你想在文档中使用该脚本则是强制性的，如下面的代码片段所示：
下面的 chunk 不会被打印
@

<<echo=FALSE, cache=FALSE>>=

read_chunk("mycode.R")

@

代码必须出现在这里

<<myrcode2>>= 下面的 chunk 不会被打印 KnitrDemo5.png 中传递了两个附加选项 第一个 chunk 不会被打印，仅用于使用命令导入脚本 ## ----。这就是为什么选项 被设置的原因。另外，脚本不能被缓存。一旦脚本被导入，你可以使用在.

之后设置的标签来打印一个 chunk。 在这种情况下它是 .

myrcode2

我们已将所有文章代码片段放入一个项目，

• 你可以在 Overleaf 上打开参考指南

  • 一些 chunk 选项： results

  • 。更改 R 代码生成的结果行为。可能的值有： markup

  • 使用 LaTeX 来格式化输出。 asis

  • 打印 R 的原始结果。 hold

• 将输出结果保留并推到 chunk 的末尾。hide

  • 隐藏结果。 echo

  • 。是否包含 R 源代码。其他参数包括： echo=2:3

• 仅打印第二行和第三行；echo=-2:-3 仅排除第二行和第三行。 和 cache

• 。是否缓存代码块。可能的值有：TRUE 仅排除第二行和第三行。 和 cache

• FALSEhighlight 。是否对源代码进行高亮。可能的值有：.